Friedrich Christian Lesser wird am 18. April 1712 in die Matrikel der 1694 eröffneten Universität zu Halle eingetragen. Zunächst beginnt er sein Studium als Mediziner, erst später wechselt er zur Theologie. Im wesentlichen wird er durch den an der „Academia Fridericiana Halensis“ unterrichtenden väterlichen Freund August Hermann Francke beeinflusst. Doch der Stadtbrand in Nordhausen am 21. August 1712 zerstört das Diakonatshaus und den elterlichen Hausrat. An sich hätte er nach Hause zurückkehren müssen, aber er bekommt einen Freitisch in Leipzig und wechselt am 3. Oktober 1712 dorthin. Francke holt ihn aber im Juni 1714 nach Halle zurück. Mit dem Zuspruch dieses väterlichen Freundes verbringt er aus gesundheitlichen und finanziellen Gründen ein halbes Jahr bei seinem Onkel Johann Friedrich Lesser (1660-1719) in Berlin, der dort königlich-preußischer Generalfinanzkassensekretär ist. Durch die Kontakte dieses Verwandten kann er seine Studien in Berlin fortsetzen, bis sein kranker Vater ihn zur Unterstützung 1715 nach Nordhausen zurückruft.
Nordhausen in Thüringen ist für Friedrich Christian Lesser außer während seines Studiums in Halle und Leipzig Mittelpunkt seiner Unternehmungen. Alle Fäden seiner europaweiten Kontakte laufen hier zusammen. Hier ist seine Heimat, hier ist er Pfarrer, Autor, Sammler und Familienvater. Lesser bekleidet 25 Jahre lang das Pfarramt an der Kirche „St. Mariae virginis in monte“, der Frauenbergkirche. Zusätzlich ist er 16 Jahre lang Pfarrer der Hospitalkirche St. Martini und verwaltet für 19 Jahre das Waisenhaus. Die letzten 13 Jahre seines Lebens steht er im Dienst der Neustädter Gemeinde in Nordhausen. Dort obliegt ihm die schwierige Aufgabe, den Neubau der baufälligen Jacobikirche zu organisieren und für die finanzielle Sicherung der Baumaßnahme zu sorgen. Der notwendig gewordene Abriss des 450 Jahre alten Gotteshauses und der mühselige Wiederaufbau durch die kleine Neustädter Gemeinde ist mit unzähligen Schwierigkeiten verbunden. Der gelungene Neubau der Kirche im barocken „Zopfstil“ und die Einweihung am 13. Oktober 1749, in schwerer Notzeit, sind faktisch seinem selbstlosen Einsatz zu verdanken. Stätte seines unermüdlichen Wirkens ist das Pfarrhaus von St. Jacobi, in dem er bis zu seinem Tode lebt.
Neben Friedrich Christian Lessers physicotheologischen Aktivitäten hat seine ausgeprägte Sammelleidenschaft einen besonderen Stellenwert. Dieser Wesenszug ermöglicht ihm sein breites Publikationsspektrum. Friedrich Christian Lesser sammelt alles und schreibt über alles, was er sammelt. Er ist der typische Polyhistor der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Diese Eigenschaft veranlasst ihn, einen regen Schriftverkehr mit mehreren hundert Briefpartnern zu unterhalten.
Friedrich Christian Lesser knüpft auf unterschiedlichste Art und Weise Kontakte zu Forscherkollegen und pflegt ein außerordentlich weitreichendes Themenspektrum. Standesunterschiede und politische Barrieren setzen ihm keine Grenzen. Seine Verbindungen zu Adressaten sind über das gesamte Heilige Römische Reich deutscher Nation verteilt, sogar bis ins europäische Ausland. Briefpartner finden sich in Dänemark, Frankreich, Großbritannien, Polen, Russland, Schweden, Ungarn, den Niederlanden und der Schweiz. Sie entstammen der Aristokratie, dem Bürgertum und der gelehrten Welt. Insgesamt steht er mit 477 Personen im In- und Ausland im Briefwechsel.
Die sorgfältige Erziehung im Elternhaus erfolgt mit dem Ziel, auf der „Grundlage wahrer Frömmigkeit die Keime der Wissenschaft in dem regen Kinde zu entwickeln“ [Heineck, 1892].